实验室根据教育部规定，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。在内部规章制度建设方面，与学校科技处、设备处、财务处、研究生院等职能部门保持密切联系，结合学校相关规章制度，形成实验室内部科研管理、人事管理、人才培养、仪器设备管理和行政管理等相关规章制度；按照教育部文件要求，规范和加强实验室网站建设。日常管理设重点实验室办公室主任1名，专职科研秘书1名，人员岗位职责明确。在自主研究方面，设立主任基金，鼓励实验室人员围绕实验室研究方向和自身学术背景开展自助选题研究。实验室实行学术委员会指导下的主任负责制，聘请16位领域著名专家组成实验室学术委员会，杨雄里院士任主任。每年召开学术委员会议，实验室主任做年度工作汇报，学术委员会负责对实验室建设目标、任务及总体发展规划、科研方向进行指导、审议与监督。